在集贸市场进行畜禽活体交易，包括现场宰杀，容易导致疫病的传播，为进一步加强对集贸市场和畜禽活体交易的管理，二审稿增加关于经营动物、动物产品的集贸市场应当具备动物防疫条件的规定，并明确县级以上地方政府根据本地情况决定在特定区域禁止家畜家禽活体交易。
虽然修订草案一审稿对犬只饲养以及流浪犬、猫的管理等作了规定，但在公开征求意见中，社会各方普遍关注这个问题。二审稿对此有所回应，修改为：单位和个人饲养犬只，应当按照规定免疫接种狂犬病疫苗，凭农业农村部门的免疫证明向所在地养犬登记机关申请登记。街道办事处、乡级人民政府组织协调居民委员会、村民委员会，做好本辖区内流浪犬、猫的控制和处置，防止疫病传播。农村地区饲养犬只的防疫管理，由省、自治区、直辖市规定。
有些常委委员和地方，建议在修订草案有关人畜共患病疫情通报、监测等规定的基础上，增加建立人畜共患传染病防治合作机制的规定。二审稿增加规定：卫生健康主管部门和农业农村、野生动物保护等主管部门建立人畜共患传染病防治合作机制。
修订草案一审稿规定，需要非食用性利用野生动物的，应当按照国家有关规定严格审批和检疫检验。有的常委委员和地方、部门提出，本法应当对野生动物检疫问题进行细化，明确非食用性利用和人工捕获的野生动物的检疫部门，落实检疫责任；有的还提出，利用野生动物的“审批”不属于本法规范的范围，野生动物保护法对此已作规定。本次提请审议的修订草案二审稿也给出相应修改：一是明确因科研、药用、展示等特殊情形需要非食用性利用的野生动物，应当按照规定报经动物卫生监督机构检疫，检疫合格的，方可利用。二是恢复现行法的规定，人工捕获的野生动物应当按照规定报经捕获地动物卫生监督机构检疫，检疫合格的，方可饲养、经营和运输。
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